本发明涉及高通量微流控细胞芯片的技术领域，公开了用于芯片的除气泡装置及其操作方法，芯片的入口及开口处分别连接有注满液体的tip头，除气泡装置包括底座以及座体，底座上端设有用于放置芯片的凹槽，座体封闭所述凹槽，且下端设有凹腔，座体上端封闭，且侧壁设有两分别对应连通两凹腔且供外部惰性气体进入凹腔中的通孔。本发明中的除气泡装置不是针对某种芯片而设计，其适用性强，只需要将芯片放置在底座的凹槽中则可，其制作简单，结构也简单，其利用正压达到除气泡的效果，除气泡效率高，不影响和中断进入微流控细胞芯片内的液流，保证了细胞生长的正常状态和功能，操作简单，不会出现液流中断现象，保证实验的正常进行，不会对实验存在潜在影响。