本发明涉及一种基于图像的血管内中膜厚度自动提取方法及系统。该方法包括以下步骤：获取血管超声图像，并从血管超声图像中选取感兴趣区域；采用基于非均匀B样条的经验模态分解算法对感兴趣区域去噪；通过K均值聚类法对所述去噪后的感兴趣区域中的像素点基于像素灰度进行分类，以分离出血管腔、血管壁外膜和感兴趣区域中除血管腔、血管壁外膜外的其它区域三部分；通过数学形态学从所述分离出的感兴趣区域中除血管腔、血管壁外膜外的其他区域部分提取血管内中膜厚度。上述基于图像的血管内中膜厚度自动提取方法及系统，基于非均匀B样条的经验模态分解算法去噪，K均值聚类法分离，提取血管内中膜厚度，与手动标记相比，操作方便，且更加准确。